Du Vème au VIIIème siècle, tout le territoire en pourtour du golfe des Pictons passe sous la domination des Wisigoths puis des Francs.
Après le règne de Charlemagne, il sera intégré au royaume d' Aquitaine placé sous l' autorité de Louis Le Pieux, l' un de ses fils.
C' est à cette période que s' élevèrent les premières abbayes.

L' une des premières fut celle de Saint-Michel-en-l' Herm en 682,
suivie par celle de Maillezais en 989, à l' initiative d' Emma épouse du duc d' Aquitaine Guillaume IV,
puis celle de Nieul-sur-l' Autise en 1168, par un seigneur de Vouvant:

sans doute le besoin d' assainir la région, doublé de celui de se nourrir aura-t-il conduit les religieux à entreprendre les premiers travaux d' assèchement du Marais, grâce aux dons des seigneurs.

Si les IXème et Xème siècles sont marqués par les invasions normandes, remontant la Sèvre jusqu' à Coulon et Niort ( le Roi Charles le Chauve repoussant les Normands),

c' est surtout à partir des XIème et surtout XIIème siècles que se développèrent d' importants travaux d' assèchement pour contenir et permettre l' écoulement des eaux douces des rivières:
l' un des premiers ouvrages fut celui du Bot-Neuf: creusé suivant un axe Nord-Sud de Chaillé vers l' Anse du Brault,
et parmi les ouvrages essentiels de cette période: le canal des 5 abbés partant de Vouillé pour rejoindre l' Anse du Brault (voir carte des canaux, page suivante) fruit de l' association des cinq monastères de l' Absie, Saint-Maixant, Maillezais, Nieul et Saint-Michel-en-l' Herm, puis d'autres.

Physionomie du Marais courant XIIème - XIIIème

    

Les ordres monastiques sont au faîte de leur gloire, et détiennent de vastes domaines;
la population vit de productions maraîchères et fruitières, lin et chanvre sont cultivés dans les champs, les roseaux du Marais fournissent la litière pour les animaux et du combustible, et l' on dispose de bois grâce aux arbres des forêts, tandis que gibier et poissons foisonnent.

Le commerce et les échanges sont florissants: de nombreux bateaux remontent la Sèvre jusqu' à Coulon et Niort qui sont devenus des ports très fréquentés.

De 1337 à 1453 c'est la Guerre de Cent ans, et son cortège de famine, pillage, plus l' apparition d' une épidémie de peste qui ravagèrent la région.

Les religieux des abbayes subissant les assauts anglais ne furent plus en mesure d' entretenir les ouvrages construits: les canaux se bouchent, les digues se rompent et l' eau ré-envahit le Marais.
Si en 1372, Du Guesclin ramène la paix pour un temps en chassant les soldats anglais de la région, c' est la guerre civile entre les partis des Armagnacs et des Bourguignons qui marque le début du XVème siècle.

A partir de 1470, le Roi Louis XI arrive à pacifier la région et les travaux de réfection des digues et canaux reprennent... pour un temps assez bref.

Malheureusement à partir de 1568, des conflits d' une autre nature surgissent: les guerres de religion: la présence de La Rochelle place forte huguenote toute proche et le contrôle de la ville de Marans engendrent nombre batailles;
les abbayes nombreuses dans la région et les églises sont le siège d' âpres combats entre Catholiques et Protestants, si bien que toute la contrée est mise à sac et subit à nouveau l' abandon puis la ruine des ouvrages édifiés pour assécher le Marais.